В 2012 году Yamaha представила обновлённую версию Cygnus X 125, которая стала последним поколением модели. Скутер получил новый, более агрессивный дизайн передней части со светодиодными ходовыми огнями, обновлённую приборную панель и улучшенную эргономику. Двигатель был доработан для соответствия нормам Euro 4.
Подвеска получила новые настройки для лучшей управляемости. На部份 рынков предлагалась версия с ABS. Скутер оснащался системой впрыска топлива и вариаторной трансмиссией. Производство Cygnus X 125 завершилось в 2016 году, когда модель была заменена новыми скутерами Yamaha (в частности, NMax 125).