В 2007 году Yamaha провела серьёзную модернизацию Cygnus X 125. Главное изменение - замена карбюратора на систему впрыска топлива (Fuel Injection), что позволило снизить расход топлива и улучшить запуск двигателя в холодное время года. Двигатель стал соответствовать нормам Euro 3. Внешне модель отличалась обновлённой передней оптикой и новой приборной панелью с цифровым спидометром.
Скутер получил доработанную подвеску и улучшенную тормозную систему. На некоторых рынках предлагалась версия с ABS. Cygnus X 125 FI выпускался с 2007 по 2012 год и оставался одним из самых популярных скутеров в классе 125 см³ благодаря сочетанию современного дизайна, экономичности и надёжности.