В 2004 году Yamaha представила второе поколение скутера - Yamaha Cygnus X 125 (XC125SR). Модель получила полностью новый дизайн с более острыми и современными линиями, новую переднюю оптику и обновлённую приборную панель. Двигатель остался карбюраторным, но был доработан для улучшения тяги на низких и средних оборотах.
Скутер Cygnus X 125 стал заметно популярнее предшественника благодаря более современному внешнему виду и улучшенной эргономике. Подвеска была перенастроена для лучшей управляемости. Объём багажного отделения позволял разместить шлем-интеграл. Скутер выпускался с 2004 по 2007 год, после чего был модернизирован.