В 2006 году вышло второе поколение Cygnus-X с полностью обновлённым дизайном. Скутер получил более угловатые формы, новую аналого-цифровую приборную панель, а топливный бак был перенесён из передней части под пол, что увеличило пространство под сиденьем. Задние амортизаторы стали трёхступенчатыми регулируемыми.
В 2007 году карбюратор уступил место электронному впрыску топлива (версия Cygnus-X Fi). В 2008 году вышла версия с лямбда-зондом, соответствующая стандарту Euro 5. В 2010 году модель получила волнообразный тормозной диск, выдвижные подножки для пассажира и боковые катафоты.