Первое поколение Yamaha Cygnus-X 125 дебютировало в 2003 году. Скутер оснащался новым 4-тактным двигателем E343E объёмом 124 см³ с воздушным охлаждением, 4 клапанами и гальваническим покрытием цилиндра. Система питания - карбюратор Keihin CVK24. Модель получила передние и задние 12-дюймовые колёса, телескопическую вилку спереди и два амортизатора сзади.
В 2004 году вышла версия SR с двухцветной окраской и улучшенными задними амортизаторами. В 2005 году появилась версия SR Evolution с декоративными наклейками и датчиком положения дроссельной заслонки (TPS).