В 1982 году Yamaha полностью переработала XS400. Новая модель XS400R Seca получила двигатель с двумя верхними распредвалами (DOHC) объёмом 399 см³ (диаметр цилиндра 69 мм, ход поршня 53,4 мм, степень сжатия 9,7:1). Мощность выросла до 45,5 л.с. при 9500 об/мин. В двигателе появился балансирный вал для снижения вибраций. Система зажигания - транзисторная электронная, без контактов.
Рама - прессованная стальная хребтового типа, двигатель стал несущим элементом. Задняя подвеска - Monocross с одним газомасляным амортизатором. Передняя - гидравлическая телескопическая вилка. Тормоза: два диска спереди, барабан сзади. Колёса - литые, задняя шина увеличенного профиля 4.10-18. Сухая масса - 169 кг, топливный бак - 18 литров.
Одновременно выпускалась круизерная версия Maxim на той же базе, но с иным дизайном и двойными амортизаторами сзади.