В апреле 1983 года Yamaha представила радикально обновлённую версию - XJ400Z (код 33M). Двигатель получил жидкостное охлаждение, 4-клапанную головку (DOHC, 4 клапана на цилиндр) и новую поршневую группу (диаметр цилиндра 54 мм, ход поршня 43,6 мм). Рабочий объём - 399 куб. см. Степень сжатия - 10,5:1. Мощность выросла до 55 л.с. при 11 500 об/мин, крутящий момент - 34,3 Н·м при 10 000 об/мин.
Рама - стальная дуплексная, колёсная база - 1420 мм. Задняя подвеска - Monocross рычажного типа с регулировкой преднатяга. Передняя вилка - телескопическая 38 мм с вариабельным демпфированием и стабилизатором. Тормоза: спереди - два диска, сзади - один диск. Объём бака увеличен до 19 литров. Сухой вес - 177 кг. Колёса 18 дюймов. Доступна в двух версиях: XJ400Z (naked) и XJ400Z-S (с коротким полуобтекателем).