Модификация XJ400D (код 5M9) вышла в июне 1981 года. Главное внешнее отличие - спортивный 4-2-4 выпускной коллектор с четырьмя глушителями и срезанными под углом наконечниками. Двигатель получил систему YICS (Yamaha Induction Control System), улучшающую сгорание топлива: мощность осталась на уровне 45 л.с., но возросла экономичность (более чем на 20%) и улучшилась тяга на средних оборотах.
Передняя вилка стала полупневматической (с воздушно-пружинным демпфированием), задние амортизаторы - регулируемыми. Тормозной диск спереди - перфорированный. Вес вырос до 180 кг сухой массы. Фара получила галогеновую лампу H4 60/55 Вт (вместо галогеновой 50/40 Вт на первой версии). Двигатель окрашен в чёрный цвет, зеркала стали прямоугольными.