2000 модельный год стал самым глубоким обновлением WR400F за весь цикл производства. Мотоцикл получил новый карбюратор Keihin FCR 39 мм с датчиком положения дросселя (TPS) и красным нок-стартом, встроенным в корпус карбюратора. Новый карбюратор обеспечил лучшую отзывчивость в широком диапазоне условий.
Рама: применена новая сталь HT-780 - более прочная и лёгкая при меньшей толщине стенок. Головная труба смещена на 5 мм назад, что сократило колёсную базу. Колёса: впервые в стандартной комплектации - обода Excel (передние и задние) с алюминиевыми ниппелями. Сцепление: новый узел с регулируемым рычагом works-style для более лёгкого выжима и лучшей информативности.
Подвеска: в вилке - новые пыльники anti-stiction, внешние трубы с низким трением и алюминиевый поршневой шток. Задний амортизатор - алюминиевый подшипник вместо стального, новый регулировщик сжатия. Топливный бак - 8-литровый YZ-style, что на 2,5 кг легче 12-литрового бака 1999 года. Мотоцикл стал заметно маневреннее.
Все изменения 2000 года сделали WR400F самым зрелым и надёжным вариантом среди всех трёх лет выпуска. Именно 2000 год считается лучшим для модели.