Первый год выпуска Yamaha WR400F (1998 модельный год). Мотоцикл построен на базе кроссового YZ400F: та же рама, двигатель и подвеска, но с изменениями для эндуро. WR получил фару 60 Вт, задний фонарь, генератор на 12 В, широкодиапазонную 5-ступенчатую КПП, более мягкие настройки подвески, подставку, одометр. Топливный бак - 8 л. Система питания - карбюратор Keihin FCR 39 мм с датчиком положения дросселя.
Двигатель - 399 см³, DOHC, 5 клапанов. Стальные клапаны. Сухой картер. Пуск - кик-стартер. Степень сжатия 12,5:1. Охлаждение жидкостное. Стальная рама (материал HT-780). Передняя подвеска - перевёрнутая 46-мм вилка Kayaba. Тормоза: спереди диск 245 мм, сзади 220 мм.
Ранние экземпляры страдали от проблем с холодным пуском и растяжением шатунной шейки. Многие недостатки были устранены в последующие годы.