Вторая модификация Yamaha VMX12 появилась в 1988 году после годичного перерыва (1987 модельный год был пропущен в США). Главным внешним отличием стали новые литые колёса. В 1990 году зажигание было модернизировано до цифрового электронного TCI (Transistor Controlled Ignition), что повысило надёжность и точность искрообразования.
По остальным техническим характеристикам модель 1988-1992 годов повторяла первую генерацию: вилка 40 мм, два передних тормозных диска 282 мм с 2-поршневыми суппортами, карбюраторы Mikuni BDS34. Двигатель с V-Boost сохранил мощность 145 л.с. для североамериканского рынка. Европейские версии имели ограничение: 100 л.с. для ранних, 95.2 л.с. с 1991 года. Японская версия развивала около 97 л.с.
В этот период модель продавалась в Северной Америке, Европе и Японии.