Третье поколение TZR250 (код 3XV) дебютировало в 1991 году и стало самым технологичным и желанным среди коллекционеров. Двигатель - полностью новый 90° V-твин рабочим объёмом 249,7 см³ с диаметром цилиндра 56 мм и ходом 50,7 мм. Степень сжатия повышена до 7,5:1. Впуск - через два плоскозолотниковых карбюратора Mikuni, зажигание - микропроцессорное, система YPVS сохранена.
Модель выпускалась в восьми вариантах, объединённых в четыре основные серии: TZR250R (базовая), TZR250RS (спорт), TZR250RSP и TZR250SP (гоночно-ориентированная) и TZR250SPR (1995, самая редкая). Версии различались типом карбюраторов (28 мм круглые на R/RS, 36 мм плоские на SP 1991-1992, 32 мм плоские на SP 1993-1994, 32 мм D-slide на SPR 1995), типом сцепления (мокрое на R, сухое на RS и SP/SPR), диаметром перевёрнутой вилки (39 мм на R, 41 мм на SP) и маркировкой цилиндров.
Колёсная база сократилась до 1340 мм, сухой вес - 126 кг. Размер шин: 110/70 ZR17 спереди и 150/60 ZR17 сзади. Мотоцикл поставлялся только для японского рынка (серый импорт).