Второе поколение TZR250 под кодом 3MA дебютировало в 1989 году. Инженеры Yamaha применили revolutionary для дорожного мотоцикла решение: обратное расположение цилиндров (reverse cylinder), при котором впуск находится спереди, а выпуск - сзади, что позволило проложить выхлопные трубы максимально прямо, под седло, как на гоночной TZ250. Двигатель - двухтактный параллельный твин объёмом 249 см³ с диаметром цилиндра 56 мм и ходом 50,7 мм, степень сжатия повышена до 7,4:1.
В 1989 году вышла версия 3MA1 с обычной (прямой) вилкой, а в 1990 году - обновлённая 3MA3, получившая перевёрнутую вилку (USD), новое программирование зажигания и изменённую форму выпускных камер для улучшения тяги на средних оборотах. Существовала также версия SP (Sport Production) с сухим сцеплением, секвентальной коробкой передач с близкими передаточными числами и полностью регулируемой подвеской. Модель 3MA поставлялась только для японского рынка (серый импорт).