С 1991 года Yamaha TZ250 перешла на 90-градусный V-образный двухцилиндровый двигатель. Модель B (1991) базировалась на разработках YZR250 и серийного TZR250. Двигатель получил противовес для гашения вибраций, два карбюратора Mikuni TMX 38 мм, систему YPVS и лепестковый впуск. Мощность - около 90 л.с. при 12 500 об/мин.
Версия D (1992) получила алюминиевую раму Deltabox и асимметричный маятник. В 1993 году (E) - широкое переднее колесо и тормоза Brembo. В 2000 году двигатель переработали - новый картер и соотношение 54×54,5 мм. Модификации 2003 года получили цилиндры от YZR250. Последняя версия 5KE (2009) выдавала 93 л.с. (68,4 кВт) при 12 500 об/мин, с заводским китом - до 105 л.с.
Оснащение: перевёрнутая вилка Kayaba, дисковые тормоза (спереди 298 мм), магниевые колёса, кассетная коробка передач, сухое сцепление. Сухой вес - 102 кг. Топливный бак - 23 л.