В 2008 году Yamaha провела масштабное обновление TTR125LE. Мотоцикл получил новый дизайн в стиле кроссовых YZ: передний номерной щиток, новые крылья, боковые панели и глушитель. Передняя подвеска заменена на 31-мм телескопическую вилку с регулировкой преднатяга (ход 180 мм). Задний амортизатор с выносным резервуаром получил регулировки сжатия и отбоя (ход 168 мм).
Маятник - алюминиевый коробчатого сечения, что снижает неподрессоренную массу. Карбюратор VM20 получил новую жиклёвку и систему двух тросов газа для более точной реакции. Топливный бак - чёрный пластиковый, объёмом 6,0 л. Форма седла изменена для облегчения перемещения райдера.
Размеры: длина 1885 мм, ширина 795 мм, высота 1085 мм. Колёсная база - 1270 мм. Высота по седлу - 805 мм. Дорожный просвет - 295 мм. Снаряжённая масса - 90 кг. Тормоза: передний диск 220 мм, задний барабан 110 мм. Шины: 70/100-19 передняя, 90/100-16 задняя. Эта модификация выпускается по настоящее время и является единственной доступной в дилерской сети Yamaha.