Yamaha TTR125E - модификация с электрическим стартером, представленная в 2003 году. В отличие от базовой версии, байк оснащён системой электронного пуска в дополнение к традиционному кикстартеру, что упрощает запуск двигателя, особенно для начинающих райдеров.
Колёса - малые, 17 дюймов спереди и 14 сзади. Высота по седлу - 775 мм. Тормозная система - барабанные механизмы спереди и сзади (диаметр 110 мм). По остальным характеристикам версия E идентична базовому TTR125: тот же двигатель 124 см³, 5-ступенчатая коробка, 30-мм телескопическая вилка, стальной маятник. Снаряжённая масса увеличена примерно на 2 кг из-за электростартера и аккумулятора (около 85 кг). Модификация выпускалась с 2003 по 2010 год.