Поздняя версия Yamaha TRX850 выпускалась с 1998 по 2000 год. На европейских аппаратах рама окрашивалась в чёрный цвет вместо серебристого, а тормозные суппорта вновь стали Brembo золотистого цвета - это исправило главную претензию покупателей к модели 1996-1997 годов. Внешний вид дополнили обновлённые цветовые схемы.
На японском рынке в 1998 году вышли версии с кодами 4NX2 (чёрный или красный пластик, белая рама, белые колёса) и 4NX3 (синий металлик, серебристая рама, колёса цвета ганметал). В 1999 году (4NX4) появились цвета Purple Blue Metallic и Vivid Red Cocktail - градиентная окраска задней части с переходом от красного к чёрному. Производство полностью завершилось к 2000 году.