В 1991 году Yamaha выпустила глубоко обновлённую версию SRX600 (тип 3SX), которая продавалась исключительно на внутреннем японском рынке. Это была фактически новая модель, сохранившая лишь основные компоненты двигателя от предыдущих версий.
Главные отличия третьего поколения: вместо twin-shock - моноподвеска (один амортизатор) с алюминиевым маятником экструдированного типа и 9-ступенчатой регулировкой предварительной нагрузки. Передняя вилка увеличенного диаметра - 38 мм (KYB, вместо 36 мм). Колёса - 17 дюймов спереди (110/70-17) и сзади (140/70-17), трёхспицевые полые (аналогично FZR). Тормоз - один диск 320 мм спереди. Появился электростартер - запуск теперь возможен кнопкой, помимо кикстартера. Зажигание - полностью транзисторное (fully transistorized) вместо CDI. Топливный бак уменьшен до 14 литров. Длина увеличена до 2090 мм, ширина - до 720 мм, высота уменьшена до 1045 мм. Колёсная база выросла до 1425 мм.
Рама получила другой профиль и не взаимозаменяема с предыдущими версиями. Двигатель базируется на более новом XT600E с электростартером. Производство модели продолжалось до 1997 года.