В 1988 году Yamaha выпустила обновлённую версию SRX600 - тип 2NX (для Японии) и 3GV1 (чуть позже, с 1990 года). Главные изменения коснулись ходовой части и внешности.
Переднее колесо уменьшилось с 18 до 17 дюймов, шина - 100/90-17. Вместо двух передних дисков 267 мм установлен один диск 320 мм с четырёхпоршневым суппортом (диск имеет малый вылет). Заднее колесо осталось 18-дюймовым (шина 120/80-18). Колёса получили новый дизайн - полые спицы с обработанными гранями.
Изменения в трансмиссии: передаточное число 5-й передачи изменилось с 26/21 (1JK) на 24/19 (2NX). Выходной вал КПП получил другой шлицевой профиль. Подножки пассажира теперь крепятся к раме, а не к маятнику (литые алюминиевые кронштейны вместо стальных). Амортизаторы тоже изменились - форма резервуаров стала другой.
С 1990 года (тип 3GV1) появились алюминиевые указатели поворотов вместо пластиковых, изменились номера деталей двигателя, головка и цилиндр - как на поздних monoshock-моделях.