Второе поколение Yamaha SRX250 (код 3WP) было представлено в марте 1990 года. Мотоцикл получил полностью новый дизайн, стилистически приближенный к старшим моделям SRX400 и SRX600. Двигатель остался прежним по конструкции - 249-кубовый воздушный одноцилиндровый DOHC с 4 клапанами и системой YDIS на двух карбюраторах, - однако из-за ужесточения экологических норм мощность была снижена до 28 л.с. при 9000 об/мин. Крутящий момент сохранился на уровне 23,5 Н·м при 7500 об/мин.
Существенные изменения коснулись ходовой части: барабанный задний тормоз уступил место дисковому, колёса стали 17-дюймовыми (90/80-17 спереди и 110/80-17 сзади), а цепь главной передачи - 428 вместо 520. Объём топливного бака увеличился с 10 до 12 литров. Сухой вес вырос незначительно - до 122 кг. Приборная панель получила новую компоновку с двумя колодцами разного диаметра. После 1992 года модель была снята с производства в Японии.