Третье поколение Yamaha SR500 выпускалось с 1984 по 1999 год для рынков Европы, Азии и Океании. Модель вернулась к проволочным колёсам со спицами. В 1985 году переднее колесо уменьшилось с 19 до 18 дюймов, а топливный бак увеличился с 12 до 14 литров. Изменились габариты: длина 2085 мм, ширина 735 мм, высота 1080 мм, высота по седлу снизилась до 780 мм. Сухой вес уменьшился до 153 кг.
С 1986 года вместо карбюратора Mikuni VM34SS с механическим приводом дроссельной заслонки начал устанавливаться CV-карбюратор (Mikuni BST34 с постоянным разрежением). Степень сжатия была снижена до 8,3:1. С 1988 года для некоторых рынков спереди вместо дискового тормоза устанавливался барабанный (двухколодочный). В 1993 году зажигание CDI заменили на DC-CDI с улучшенными характеристиками пуска.
Производство SR500 завершилось в 1999 году. Всего за 21 год было выпущено около 15 000 экземпляров только для рынка США, а общий тираж для всех рынков значительно превышал эту цифру. В Германии до прекращения продаж в 2005 году было продано почти 40 000 больших одноцилиндровых Yamaha (включая SR400).