В 1986 году Yamaha провела глубокую модернизацию RZ350, выпустив версии F2 (с обтекателем) и N2 (голую). Модель получила новую раму, новый топливный бак в авиационном стиле, карбюраторы с дополнительными ускорительными жиклёрами, новые поршни, цилиндры и головку цилиндров, новые настройки системы YPVS и зажигания, новые выпускные трубы.
Обновлённый дизайн боковых и задних панелей создавал эффект единого целого с баком. Для снижения веса были установлены новый аккумулятор, более лёгкие диски и тормозные механизмы.
Мощность европейских версий составляла 59-63 л.с. в зависимости от года и рынка. Для стран с жёсткими экологическими нормами (Швейцария, Германия) мощность была снижена до 27-50 л.с. В Австралии выпуск прекратился в 1988 году. Версия с круглой фарой и полноценным обтекателем появилась в Австралии в 1987 году.