В 1985 году Yamaha выпустила переходную версию RZ350, которая сочетала черты раннего и позднего поколений. Основное новшество - полноценный обтекатель, заимствованный от RZ500 (крепление к раме, верхняя панель общая с 500-кубовой моделью). Параллельно выпускалась голая версия N1.
Модель получила новую приборную панель с электронным тахометром, новый маятник, новые выпускные трубы, переднюю вилку Variable Damper и тормозные суппорты с оппозитными поршнями. Изменения также коснулись переднего крыла, фары и указателей поворота.
Для американского рынка в 1985 году появилась версия RZ350NC, продававшаяся только в Калифорнии. Она получила дополнительный каталитический нейтрализатор в выпускном коллекторе и систему улавливания паров топлива.