В 1986 году Yamaha провела очередное масштабное обновление RZ250R. Модель получила новую раму, задний амортизатор, облегчённые поршни, цилиндры и головку цилиндров, новое зажигание CDI и новые настройки YPVS. Был уменьшен вес за счёт нового аккумулятора, тормозов и колёс. Изменены боковые панели, сиденье, указатели поворотов, задний фонарь. Мощность осталась на уровне 45 л.с.
В 1987 году появился чёрный цвет окраски. В 1988 году вышла последняя версия с новыми 17-дюймовыми колёсами и шинами 100/80-17 спереди и 120/80-17 сзади. Также были обновлены панель приборов (спидометр, тахометр, указатель температуры), кронштейн фары, передний и задний тормозные диски, поворотники, вилка, переднее крыло. Задний маятник стал длиннее на 10 мм. Блок CDI теперь включал контроллер YPVS. Высота по седлу осталась 790 мм. Модель выпускалась до 1992 года, постепенно вытесняясь TZR250 и R1-Z.