В 1983 году вышло второе поколение RZ250 - модель RZ250R с кодом 29L. Главное новшество - система изменения высоты выпускного окна YPVS (Yamaha Power Valve System), заимствованная с гоночного TZ250. Мощность выросла до 43 л.с. при 9500 об/мин, крутящий момент - до 33,3 Н·м при 8500 об/мин. Степень сжатия повышена до 6,4:1. Карбюраторы Mikuni VM26SS.
Шасси полностью переработано: новая широкопролётная дуплексная рама в стиле TZ, передняя вилка 35 мм с переменным демпфированием. Задняя подвеска - Monocross нового рычажного типа. Тормоза: два диска спереди, диск сзади. Колёса 1.85-18, бескамерные шины 90/90-18 спереди и 110/80-18 сзади. Установлен бикини-обтекатель. Сухой вес 145 кг, бак увеличен до 20 л. Угол наклона вилки 26°30′, вылет 99 мм.