В 2003 году Yamaha провела обновление модели: название сменилось на Aerox R, 101-кубовая версия YQ100 была снята с производства. Скутер получил новый выхлоп с улучшенным катализатором, тахометр на приборной панели, обновлённую систему зажигания CDI и изменённую прошивку блока управления. Двигатель Minarelli MA-50 остался прежним, но калибровка карбюратора и выхлопа позволила поднять мощность примерно до 3,3 л.с. в дерстриктированном состоянии.
Специальные серии включали ливреи Valentino Rossi Replica (2007, 2010), WGP 50th Anniversary (2012) и Toyota F1 Edition. Подседельное пространство вмещало полноразмерный шлем. Тормозная система, колёса и шины остались без изменений. В Великобритании модель продавалась до 2017 года.