В 2009 году Yamaha выпустила специальную лимитированную версию MT-01 SP (Special Production). Это была самая желанная и редкая модификация модели, выпущенная тиражом всего около 50 экземпляров.
Главное отличие SP - подвеска Öhlins: 43 мм перевёрнутая вилка спереди и амортизатор с выносным резервуаром сзади. Пружины и демпфирование были настроены специально под MT-01 для обеспечения максимальной обратной связи от дороги и спортивного поведения.
Модель получила шины Pirelli Diablo Rosso (120/70-17 спереди и 190/50-17 сзади), утолщённый руль диаметром 28,6 мм (вместо стандартных 25,4 мм) с фрезерованным алюминиевым кронштейном. Эксклюзивная окраска включала красно-белый бак, красное переднее крыло, золотые колёса, двухцветное сиденье и покрытие nano-film на выхлопной системе.