В 2007 году Yamaha представила обновлённую версию MT-01. Главным визуальным отличием стали новые колёса и ширина, увеличившаяся с 790 до 800 мм. Самое существенное техническое изменение коснулось тормозной системы: вместо 320 мм дисков с 4-поршневыми суппортами теперь устанавливались 310 мм диски с 6-поршневыми радиальными суппортами для улучшения тормозного усилия.
Двигатель и шасси остались без изменений - 1670-кубовый V-твин мощностью 90 л.с. и алюминиевая рама CF литья. Эта версия выпускалась до 2009 года включительно. Коды рамы для различных рынков: 5YU3, 5YU4, 5YU7, 5YU8, 5YUB, 5YUD, 5YUE, 5YUH, 5YUK, 5YUL, 5YUM, 5YUP.