В 1990 году Yamaha провела масштабное обновление FZX750. Шестиступенчатая коробка передач уступила место 5-ступенчатой с более широкими диапазонами - конструкторы стремились сделать мотоцикл более комфортным для шоссейной езды в ущерб драгстерским качествам.
Японская версия получила пониженную мощность - 74 л.с., что было связано с изменением фаз газораспределения и настроек карбюраторов, а также доработкой глушителя для снижения шума. Код рамы для Японии - 3XF. Европейские версии (код 4AM) сохраняли 6-ступенчатую КПП и мощность до 96 л.с. на двигателях 1UF, 2AK, 3MU.
Цвет второго поколения для Японии - Dark Grayish Blue Metallic. В 1993 году для Франции выпускалась специальная версия в том же цвете. Европейские Fazer поставлялись в красном Apple Red.