Третье поколение Yamaha FZX750 появилось в 1998 году после временного снятия с производства. Модель вернулась на японский рынок с обновлённой выпускной системой, соответствующей новым экологическим нормам. Из-за изменений в конструкции длина мотоцикла сократилась до 2230 мм, а колёсная база увеличилась до 1530 мм.
Снаряжённая масса выросла до 226 кг (сухой вес - 208 кг). Мощность осталась на уровне 74 л.с. (54,4 кВт) при 9000 об/мин. Коробка передач - 5-ступенчатая. Цветовое решение - New Silver Dust (чёрный с серебристыми элементами).
Производство было приостановлено в 1998 году, затем ненадолго возобновлено в 2000 году, после чего модель окончательно покинула конвейер Yamaha. Европейские версии Fazer были сняты с производства ещё в 1997 году.