Модификация FZR400RR (код 3TJ) стала результатом глубокой переработки модели. Разработка велась при участии гоночного подразделения YZR. Мотоцикл получил全新的 алюминиевую раму Deltabox (полностью изменённой геометрии), более компактный двигатель с увеличенной степенью сжатия 12,2:1, проекционные фары и новый дизайн задней части.
Версия 3TJ1 (1989-1990) оснащалась 4 карбюраторами Mikuni BDST32 и стандартной КПП (3,307/2,222/1,714/1,434/1,272/1,173). Версия 3TJ2 (1990-1991) - SP-модификация с close-ratio КПП (2,461/1,941/1,631/1,500/1,368/1,250), усиленным сцеплением, регулируемой подвеской, масляным радиатором и односедельным исполнением.
Технические отличия: колёсная база уменьшена до 1365 мм, высота по седлу - 760 мм, дорожный просвет - 125 мм. Тормоза - 2 диска 298 мм с 4-поршневыми суппортами спереди, задний диск 220 мм с 2-поршневым суппортом. Передняя шина - 120/60-17, задняя - 160/60-17. Сухой вес - 160 кг. Топливный бак - 15 л.
Мощность - 59 л.с. (43,4 кВт) при 12000 об/мин для обеих версий. Крутящий момент - 39-42 Н·м при 9500 об/мин. Система EXUP устанавливалась на всех версиях.