В 1991 году Yamaha провела значительное обновление FZR1000, получившее обозначение FZR1000RU EXUP. Главные изменения коснулись ходовой части: вместо телескопической вилки установили 43-мм перевёрнутую вилку Kayaba (upside-down) с регулировкой преднатяга. Это повысило жёсткость передней подвески и улучшило управляемость.
Внешность также изменилась - двойные круглые фары уступили место одной прямоугольной фаре проекционного типа. Обновлённый обтекатель и боковые панели придали мотоциклу более агрессивный вид. Колёсная база увеличилась до 1470 мм, габариты: 2205 x 745 x 1170 мм, высота по седлу - около 765 мм.
Двигатель и мощность остались прежними - 145 л.с. при 10000 об/мин. Эта версия считается многими поклонниками самой совершенной в линейке FZR1000.