В 1994 году Yamaha выпустила последнее обновление FZR1000 EXUP, которое стало финальной версией модели. Главные внешние изменения - новая передняя оптика в стиле "лисьи глаза" (fox eye) - двойные фары необычной вытянутой формы. Передние тормоза получили 6-поршневые суппорта вместо прежних 4-поршневых, что значительно улучшило тормозную динамику.
Передняя подвеска была доработана, хотя конструктивно осталась перевёрнутой вилкой 43 мм. Двигатель сохранил прежние характеристики: 1002 см, 145 л.с. при 10000 об/мин, система EXUP. Начиная с 1994 года модель официально поставлялась не только в Европу и Северную Америку, но и в страны Океании - Австралию и Новую Зеландию.
В 1995 году производство FZR1000 было завершено. Преемником стала Yamaha YZF1000R Thunderace, представленная в 1996 году.