Yamaha FZR1000 EXUP 1989 года - второе поколение модели, получившее кардинальные изменения. Двигатель был увеличен до 1002 см (диаметр цилиндра 75,5 мм при сохранении хода 56 мм), степень сжатия повышена до 12.0:1. Мощность выросла до 145 л.с. (107 кВт) при 10000 об/мин, крутящий момент - до 106,8 Нм при 8500 об/мин.
Главное новшество - система EXUP (Exhaust Ultimate Power Valve). Электроприводной клапан в выпускном коллекторе изменял сечение выпуска в зависимости от оборотов, обеспечивая отличную тягу на низких оборотах и высокую мощность наверху. Угол наклона цилиндров был уменьшен с 45 до 35 градусов, что позволило сделать двигатель компактнее и сократить колёсную базу до 1460 мм.
Рама Deltabox была полностью переработана: двигатель стал несущим элементом, исчезли нижние трубы. Передняя вилка увеличенa до 43 мм (телескопическая), заднее колесо стало 17-дюймовым (шина 170/60 VR17). Передние тормоза - два диска 320 мм с 4-поршневыми суппортами. Сухой вес - 209 кг.
Эта версия была признана журналом Cycle World "Мотоциклом десятилетия" (Bike of the Decade).