Вторая серия Yamaha FZ750 выпускалась с 1987 по 1989 год и получила значительные изменения. Главное внешнее отличие - полный обтекатель, новые боковые панели и задний подрамник с интегрированным номерным знаком и фонарем. Передние указатели поворота перенесены в верхнюю часть обтекателя.
Технические изменения коснулись двигателя: установлены более короткие поршни и длинные шатуны, новое цифровое зажигание с одним датчиком (вместо двух), двухтросовая система газа (с 1988 года), новая выхлопная система 4-1 значительно легче прежней 4-2. Задняя подвеска вместо кованых алюминиевых рычагов получила стальные догбоны с алюминиевым рокером - центральный упор (центральную подножку) убрали. Снаряженная масса снижена до 229 кг. Коды моделей: 2MG, 2KT, 2FM, 2FJ.