1988 год стал последним для Yamaha FZ600. Компания уже готовила к выпуску новое поколение - FZR600 с двигателем жидкостного охлаждения и рамой Deltabox, поэтому FZ600 выпускался в 1988 году параллельно с подготовкой к смене поколений.
В 1988 году модели FZ600 были внесены небольшие изменения: скорректирована жиклеровка карбюраторов, изменены некоторые элементы электрооборудования для соответствия экологическим стандартам. Цветовые схемы - Silky White (белый), а также различные двухцветные варианты.
Модель 1988 года стала последней для этой легендарной серии. После завершения производства FZ600 в 1989 году стартовали продажи FZR600, который выпускался до 1999 года.