Модель 1987 года практически не отличалась от первой версии. Yamaha внесла лишь косметические изменения в цветовую гамму. Все технические характеристики остались прежними: тот же 599-кубовый двигатель воздушного охлаждения, 6-ступенчатая коробка передач, рама прямоугольного сечения.
Доступные цвета для 1987 года: красный/белый и чёрный. Рама по-прежнему окрашивалась в серебристый. FZ600 продолжал конкурировать с уже появившейся Honda CBR600F и Kawasaki GPZ600R, сохраняя преимущество в управляемости и меньшем весе (200 кг снаряжённой массы против 207-213 кг у конкурентов).
Мотоцикл сохранил все особенности: агрессивную спортивную посадку, жёсткую подвеску, узкое сиденье и характерную вибрацию на 55 миль/ч (около 90 км/ч), которая уменьшалась при разгоне до 65-75 миль/ч.