Yamaha MT-10 SP была представлена в октябре 2016 года как премиальная версия флагманского нейкеда. Ключевое отличие - полуактивная электронная подвеска Ohlins ERS, заимствованная от YZF-R1M, которая автоматически адаптирует демпфирование в зависимости от условий движения. Также SP получила полноцветный TFT-дисплей (вместо LCD у стандартной версии), стальные тормозные шланги и трёхсекционный нижний обвес двигателя.
Эксклюзивная окраска Icon Performance (серебристо-чёрно-красная) отсылала к дизайну R1M. Механически SP была идентична стандартной MT-10: тот же 998-кубовый двигатель CP4 мощностью 160,4 л.с. и 111 Н·м крутящего момента. Масса SP составляла около 212 кг - на 2 кг больше из-за иной подвески.