Второе поколение FJR1300 дебютировало в 2006 году и принесло масштабные изменения. Мотоцикл получил全新的 кузов с улучшенной аэродинамикой и системой регулируемых вентиляционных заслонок для отвода тепла от двигателя. ABS и объединённая тормозная система Unified Braking System (UBS) стали стандартным оборудованием на всех рынках. Изогнутый радиатор увеличил площадь охлаждения, новый генератор выдавал 590 Вт (против 490 Вт ранее).
Колёсная база выросла до 1545 мм, габариты увеличились до 2230x750x1450 мм. Байк получил удлинённый маятник для лучшей стабильности на высокой скорости, регулируемое по высоте сиденье (805-825 мм) и регулируемый руль (3 положения). В 2006 году также была представлена версия FJR1300AS с полуавтоматической трансмиссией YCC-S (Yamaha Chip Controlled Shift) - первой в мире системой электронного переключения передач без рычага сцепления на спорт-турере.
В 2008 году обновлён дизайн приборной панели, в 2009 году улучшено сцепление. С 2012 года подогрев рукояток стал стандартным.