Первое поколение Yamaha FJR1300 дебютировало в Европе в 2001 году как флагманский спорт-турист, наследник модели FJ1200. Мотоцикл оснащался рядным четырёхцилиндровым двигателем 1298 см³ мощностью 143.4 л.с. и 5-ступенчатой механической КПП. Карданный привод, алюминиевая рама twin-spar и полноценный обвес с большим ветровым стеклом задали стандарты для всего класса.
В 2001-2002 годах байк выпускался без ABS, с передними тормозными дисками 298 мм (от YZF-R1). С 2003 года появилась версия FJR1300A с опциональной ABS и увеличенными до 320 мм передними дисками. В 2004-2005 годах были улучшены подвески, добавлен отсек в обтекателе. Габариты первого поколения: длина 2195 мм, ширина 760 мм, колёсная база 1515 мм - модель была компактнее последующих версий.