Четвёртое поколение Yamaha FJR1300 (код модели RP28) было представлено в декабре 2015 года как модель 2016 года. Главное новшество - новая 6-ступенчатая коробка передач, пришедшая на смену 5-ступенчатой. Все версии с механической КПП получили проскальзывающее сцепление Assist & Slipper, облегчающее работу рычага сцепления на 20% и обеспечивающее плавные понижающие переключения.
Мотоцикл получил полную светодиодную оптику: головные фары, задний фонарь и указатели поворотов. Версии AE/AS/ES оснащаются адаптивными поворотными LED-фарами, которые освещают траекторию в повороте при наклоне мотоцикла. Приборная панель была обновлена, улучшена информативность дисплея.
С 2020 года модель была снята с продаж в Европе, но продолжила продаваться в Северной Америке, Австралии и Азии. Для рынка США и Канады с этого периода доступна только версия FJR1300ES. В 2022 году выпущена лимитированная серия 20th Anniversary Edition в честь 20-летия модели. По состоянию на 2025-2026 годы новый FJR1300ES всё ещё доступен в некоторых регионах (Австралия, Азия, Северная Америка).