Третье поколение Yamaha FJR1300, представленное в 2013 году (код модели RP23), стало настоящим технологическим прорывом. Мотоцикл получил электронную систему управления дроссельной заслонкой Yamaha Chip Controlled Throttle (YCC-T) - фактически ride-by-wire. В паре с ней работали два режима отклика двигателя D-Mode (Touring и Sport), трекшн-контроль TCS (отключаемый) и круиз-контроль. Мощность двигателя была увеличена до 146.2 л.с., крутящий момент - до 138 Н·м.
Конструкция двигателя была улучшена: гильзы цилиндров стали плазменно-напылёнными (вместо запрессованных), что улучшило отвод тепла. Передняя часть мотоцикла получила новый дизайн с LED-габаритными огнями, более быстрый механизм подъёма ветрового стекла, новую приборную панель с тремя настраиваемыми информационными страницами.
Версия FJR1300AS получила перевёрнутую переднюю вилку (USD) и электронно-регулируемую подвеску. С 2014 года для североамериканского рынка появилась версия FJR1300ES (европейский аналог AE) с электронной подвеской, но со стандартной механической КПП. Круиз-контроль в 2013 году был ограничен 80 милями/ч, с 2014 года порог поднят до 100 миль/ч.