Второе поколение Suzuki TU250 дебютировало на Токийском автосалоне 2003 года и поступило в продажу в Японии в декабре 2003 года как модель 2004 года под названием Suzuki ST250 и ST250 E-Type. Мотоцикл получил новый 2-клапанный двигатель SOHC (вместо 4-клапанного), сохранив карбюратор и CDI-зажигание. Степень сжатия была увеличена до 9.2:1.
Версия ST250 E-Type отличалась улучшенной отделкой: двухцветный топливный бак, полированный двигатель, хромированная выхлопная труба, CDI-зажигание и кик-стартер в дополнение к электростартеру. Базовая версия ST250 выпускалась до 2007 года, после чего осталась только версия E-Type.
Габариты изменились: длина увеличена до 2070 мм, ширина уменьшена до 750 мм. Колёсная база выросла до 1375 мм. Высота по седлу - 770 мм. Сухой вес увеличился до 140 кг. Размер шин: передняя 90/90-18, задняя 110/90-18.