В 1999 году Suzuki RMX50 получила обновление дизайна. Внешность мотоцикла была изменена в соответствии со стилистикой старших моделей серии RM того времени. Обновлённая графика, новые цветовые схемы и изменённая форма облицовок освежили внешний вид модели.
Технически мотоцикл остался прежним: тот же 49-кубовый двухтактный двигатель с жидкостным охлаждением, 6-ступенчатая коробка передач, перевёрнутая вилка Showa и дисковые тормоза. Модель продолжала выпускаться до 2004 года, после чего производство было прекращено.
В этот же период (1999-2002) на базе RMX50 выпускалась супермотард-версия Suzuki SMX50 с 17-дюймовыми колёсами и дорожными шинами.