Третье поколение Suzuki JR50, выпускавшееся с 1997 по 2006 год, получило наиболее значительные визуальные обновления. Дизайн был выполнен в стиле старших моделей RM (RM - Racing Motocross), что придало байку более агрессивный и современный вид. Мотоцикл получил новое сиденье синего цвета (с 2006 года), обновлённые пластиковые облицовки и графику, напоминающую полноразмерные кроссовые мотоциклы Suzuki.
Двигатель остался прежним - 49 см³ с воздушным охлаждением, но на этом поколении стабильно указывается мощность 3.26 л.с. (2.4 кВт) при 5000 об/мин. Система зажигания - CDI. Длина мотоцикла была уменьшена до 1245 мм (против 1285 мм у ранних версий).
В 2006 году модель получила синее сиденье в стиле RM. Производство Suzuki JR50 было завершено в 2006 году. На смену ему пришла модель Suzuki DR-Z50.