Второе поколение Suzuki GSF1200 Bandit было представлено в марте 2000 года как модель 2001 года. Это было самое значительное обновление за всю историю модели, затронувшее практически все узлы мотоцикла.
Мотоцикл получил новую раму - вместо прежней дуплексной конструкции была применена рама периметрального типа, также из стальных труб. Колёсная база сократилась с 1435 до 1430 мм. Передние тормоза были серьёзно улучшены - вместо 4-поршневых суппортов Nissin установили 6-поршневые Tokico. Топливный бак увеличили с 19 до 20 литров, а высоту седла снизили с 835 до 790 мм, что сделало мотоцикл более доступным для невысоких райдеров.
Двигатель получил систему PAIR (Pulsed Air Injection), подающую свежий воздух в выпускной тракт для дожига несгоревшего топлива. Карбюраторы были заменены на Mikuni BSR36, появился дополнительный топливный фильтр. Мощность осталась на уровне 98 л.с., но крутящий момент сместился на более высокие обороты - 91.7 Нм при 6500 об/мин. S-версия получила новый обтекатель с двумя фарами вместо одной.
В 2004 году на некоторые рынки добавляли двухходовой каталитический нейтрализатор в выпускную систему. В 2004-2005 годах для некоторых стран выпускалась лимитированная версия GSF1200Z с особыми цветами.