Suzuki DR-Z400E - это эндуро-версия, ориентированная на серьёзное бездорожье. Главное отличие от версии S - более мощный двигатель: степень сжатия повышена до 12.2:1, установлен карбюратор Keihin FCR39 с плоским дросселем и ускорительным насосом. Мощность составляет 48 л.с. при 9000 об/мин, крутящий момент - 41 Нм при 7500 об/мин.
Модель оснащена электростартером, но не имеет светотехники для дорог общего пользования (в США не легальна для улиц, в Австралии - легальна). Сухой вес составляет всего 119 кг, что делает её самой лёгкой версией в линейке.
Подвеска - 49-мм вилка Showa с полным набором регулировок и прогрессивный маятник с моноамортизатором. Тормоза: 250 мм диск спереди, 220 мм сзади. Колёса: 21 дюйм спереди, 18 дюймов сзади. Дорожный просвет - 325 мм.
Выпуск модели был приостановлен в 2009 году, но возобновлён в 2015 году для рынка Австралии. Окончательно снята с производства в 2022 году.