KTM 360 SX (Super Cross) - кроссовая версия модели 360, предназначенная для мотокросса. В отличие от эндуро-версии EXC, байк не имел светового оборудования, спидометра и искрогасителя, что делало его легче и проще. Подвеска была настроена более жёстко для прыжков и агрессивной езды по треку.
Версия SX отличалась передаточными числами: первичная передача 25:72, 1-я передача 15:29, 2-я 18:26, 3-я 19:22, 4-я 21:20, 5-я 23:18. Вторичная передача - 14:50. Система зажигания - Kokusan 2K-1 с цифровым блоком управления (Digital Control Box 360 SX).
Модель 360 SX выпускалась в 1996 и 1997 годах. В 1997 году двигатель получил удлинённый шатун, что улучшило характеристики мотора. В 1998 году на смену 360 SX пришла модель 380 SX с увеличенным рабочим объёмом.