В 1993 году Kawasaki представила второе поколение ZX600E. Мотоцикл получил кардинально новый дизайн с характерными воздухозаборниками Twin Ram Air под передней оптикой. Рама стала цельноалюминиевой вместо составной.
Двигатель сохранил прежние размеры 64x46,6 мм, но получил облегчённые поршни, клапаны с уменьшенным диаметром штока и новые распредвалы. Степень сжатия повысилась до 12,0:1, мощность выросла до 100 л.с. при 11500 об/мин.
С 1995 года вилка получила регулировку преднатяга и отбоя. В 2003-2004 годах модель продавалась в Северной Америке под названием ZZR600 с обновлёнными цветами. Производство ZX600E продолжалось до 2004 года.