С 1993 года в Японии вступили в силу новые законодательные ограничения, согласно которым мощность мотоциклов с двигателем 250 см³ не должна превышать 40 л.с. В связи с этим Kawasaki снизила мощность ZXR250 до 40 л.с. при 15500 об/мин, а крутящий момент - до 22 Нм при 11000 об/мин.
В период с 1996 по 1998 год производство модели было приостановлено. В 1999 году выпуск возобновился, но это был последний год для Kawasaki ZXR250. Модель выпускалась только в расцветке Lime Green. Двигатель от ZXR250 впоследствии был установлен на модель Kawasaki Balius (ZR250).